微生物肥料的功效主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病有关。
微生物肥料的作用
1、培肥地力，这是微生物肥料的主要功效之一。如各种自生、共生的固氮微生物，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，从而能为作物吸收利用。微生物菌肥施入土壤后，能快速繁殖并能形成活力强大的益生菌群，从根本上改善了土壤及根系周边的生态结构，使得多年使用化肥板结的土壤疏松透气，吸收空气中的氮并形成“生态氮肥” ，将多年沉积于土壤中的无效死磷死钾激活，让植物根系吸收。
2、增强抗逆性。微生物肥料除了传统肥料的增产增收效果外，还可以减轻作物病害。这主要有以下三个方面的原因：一是肥料中的有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的危害机会。
二是有益微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物能够刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。三是在植物受到病害、冻害、干旱、衰老等逆境时，施用微生物肥料其所含的菌种能诱导作物产生超氧化物歧化酶，消除因逆境而产生的自由基，从而提高作物的抗逆性，减轻病害。
3、提高品质早熟高产。微生物肥料能激发土壤中固定的钾、钙、锌等中微量营养元素。这些元素能供给作物微生物菌肥能产生植物激素类物质刺激作物生长。许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物激素类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。一般可使经济作物增产30%以上，大田作物增产7~10%或以上。
