工作的原理根据结构不同而有所差异，但大致流程一样，秧苗整齐放入秧箱，随着秧箱作横向移动，取秧器分格逐次取走一定数量的秧苗，在插秧轨迹控制机构的作用下，将秧苗插入泥土中，取秧器再回至秧箱取秧。一般水稻插秧机的结构有秧箱、分插秧机构、机架和浮体、动力驱动、行走装置、送秧机构等部分。
一、水稻插秧机工作原理
1、水稻插秧机的工作过程，不用结构的水稻插秧机略有差异，但是基本的插秧流程是不变的。
2、其“群体逐次分格取秧直接栽插”原理为：秧苗以群体状态整齐放入秧箱，随秧箱作横向移动。
3、取秧器逐次分格取走相应数量的秧苗，插秧轨迹控制机会按农艺要求将秧苗插入泥土中，取秧器再回至秧箱取秧。
二、水稻插秧机的结构
1、秧箱
（1）主要功能就是承载秧苗，并与送秧机构、分插秧机构配合，完成送秧和分秧作业，主由箱体、箱架、秧门（包括秧帘）和秧刷等组成。
（2）在横向移箱机构作用下，使秧箱横向移动，而后使秧苗移向秧门，以配合取秧器有规律的取秧栽插。
2、分插秧机构
（1）横分取秧器：配备适于拔取苗栽插的秧夹和适于带土苗栽插的切扒式秧爪，两者根据需求进行切换使用。
（2）纵分取秧器：配备适于拔取苗栽插的梳式秧爪，适于带土苗栽插的有装上脱秧器的梳式秧爪，或采用筷子式秧爪。
3、送秧机构
（1）纵向送秧机构：送秧方向同机器行进方向一致，重力送秧和强制送秧两种。
（2）横向送秧机构：送秧方向同机器行进方向垂直，采用移动秧箱法，因而又称移箱机构。
4、机架
（1）这个是插秧机各部件和机构安装的基础，因此要求刚性好、重量轻。
（2）按机架与船板连接方式可分为整体式和铰接式两种，整体在作业过程中插秧深度随泥脚深浅而变化。
5、行走装置和承载浮体
（1）人力插秧机：以船板为承载浮体，支承机器的全部重量，没有行走装置，作业时需人力牵引。
（2）中国的乘坐自走式机动插秧机：一般为前面1个驱动轮、后面为整体式船板的独轮驱动方式。
（3）日本的手扶自走式机动插秧机：一般为两个驱动轮加浮板的驱动方式。
6、动力驱动部分及其他
（1）自走式机动插秧机的动力驱动一般包括发动机、 变速传动装置，以及转向、换档、离合等操纵机构。
（3）另外还有各种调节装置、监测讯号装置、牵引架、插秧手座位、秧篮及遮阳装置等辅助部分。
