种向日葵常见的虫害有：金针虫、蛴螬、地老虎、草地螟、金龟子、向日葵螟。地下害虫可用氧化乐果配制毒饵除治。草地螟、金龟子危害茎叶，可喷氟矽酸钠。若危害种仁可在管状花序凋谢时用氧化乐果喷花盘。
种向日葵主要病害有：锈病、菌核病、列当。锈病从幼苗到成熟均能危害，防治办法一般选用抗病品种、轮作、增施钾肥或用25%的萎锈灵2000倍液进行茎叶处理。菌核病俗称烂大头，危害茎和花盘，可用“雷多霉”拌种或茎叶处理。列当是一种显花寄生植物，寄生在向日葵根部吸收汁液，天旱炎热危害最重，消灭列当的最好办法是田间及时铲锄。
1、种向日葵的防病灭虫：要搞好病虫害的预测预报，一旦发生，立即防治，力争做到治早治小治了。当气温达到18-20℃时，每公顷用五氯硝基苯30-45千克，加湿润的细沙土150-230千克，拌匀后撒在向日葵的地面上，抑制菌核病的萌发，15天后再撒一次药，8月上旬，向日葵螟幼虫发生期，可喷洒90% 敌百虫500倍液，防治2-3次。
2.种向日葵的菌核病
向日葵菌核病发生很广泛，发病较重，可造成向日葵茎折、花盘及种仁腐烂，对向日葵生产威胁很大，常见的有根腐型、茎腐型、叶腐型、花腐型4种类型，其中根腐型、花腐型受害重。花腐型病害表现为花盘受害后，盘背面出现水浸状病斑，后期变褐腐烂，长出白色菌丝，在瘦果和果座之间蔓延，形成黑色菌核，花盘腐烂后脱落，瘦果不能成熟。受害较轻的花盘，结出的种子粒小，无光泽、味苦、表皮脱落，多数种子不能发芽。
种向日葵的菌核病防治措施：结盘初期，可选用速克灵、菌核净、农利灵、纹枯利或多菌灵等药剂进行喷雾防治，重点保护花盘背面。由于后期向日葵植株高大，喷药操作比较难，也可以采取雨后到田间打杆降湿的办法。
3、种向日葵的防干防旱：根据向日葵的需水规律和耐旱性，一般在播种到出苗阶段要掌握顶凌播种或抢墒旱播、播前浸种等都有 良好的防旱抗旱作用。从出功垤现蕾阶段，这时幼苗地上部分生长较慢，根系生长很快，可不浇水，实行蹲苗。从现蕾到开花阶段，此时需水量占其一生总需量的43%，是关键时期。进入雨季还要采取高培土、深开沟等办法进行排渍防涝。
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