基因叠加是指在转基因作物中，分别转入外缘基因之后，通过育种手段将两个或更多个存在于不同转基因植株的外缘基因聚合到一起。因此，对基因叠加的效应评估也成为了转基因作物安全评估中的重要问题。
王志兴课题组的研究以我国自主研发的转基因玉米12-5和IE034为研究材料，12-5是浙江大学研发的含有cry1Ab/2Aj和G10-epsps基因的抗虫抗除草剂玉米，IE034是中国农业科学院作物科学研究所研发的包含cry1Ie基因的抗虫玉米。
该课题组将上述两个转基因玉米材料进行杂交后，分别对比了转基因杂交玉米12-5×IE034和两个亲本转基因玉米以及6个常规玉米品种中的转录谱和代谢谱的差异。
结果显示，与没有叠加的转基因植株以及非转基因植株相比，转基因玉米育种复合（叠加）所带来的基因表达和代谢物的变化数量介于常规玉米品种间的变异范围之内。
据该课题组研究人员介绍，这也表明，转基因玉米虽然带来了玉米原来不存在的基因，但非转基因不同品种中存在着数量更多的基因差异，转基因并没有引起基因组和转录组更多的非预期变化。
研究人员进一步解释，就是转基因玉米与非转基因之间转录组和代谢组的区别，甚至没有不同非转基因品种之间的区别大。
