长期施用化肥的蔬菜，其茎叶等可食部分被硝酸盐严重污染，蔬菜中硝酸盐的含量倍增。用化肥生产的新鲜蔬菜，但实际上这种蔬菜硝酸盐的含量超过标准，在堆积贮藏过程中霉菌容易变质。蔬菜土壤长期施用硫酸铵化肥，破坏土壤结构，使土壤板结。经常施用化肥会造成土壤的酸化危害，只能增加土壤中硫酸根离子和氯离子的含量。
一、使蔬菜硝酸盐的含量倍增
长期施用化肥的蔬菜，特别是氮肥过量生产的“氮肥蔬菜”，其茎叶等可食部分被硝酸盐严重污染，蔬菜中硝酸盐的含量倍增，硝酸盐容易在人体中恢复为亚硝酸盐，亚硝酸盐是剧毒物质，可引起人体细胞缺氧。孩子长期吃这种蔬菜，智力下降，诱发癌症，危害很大。因此，一些发达国家现在明确规定氮肥蔬菜禁止上市，确保消费者利益。
二、使蔬菜硝酸盐的含量超超标
用化肥生产的新鲜蔬菜，看起来像茎的嫩叶肥，不知情的人认为质量好，但实际上这种蔬菜硝酸盐的含量超过标准，在堆积贮藏过程中霉菌容易变质，有毒物质的含量增加。据测定，在冬春储存过程中，施氮肥的白菜比施农家肥的白菜腐烂损坏率高20%以上，其中硝酸盐含量也会翻倍。
三、土壤板结化
1、蔬菜土壤长期施用硫酸铵、硫酸钾和含氮化肥，破坏土壤结构，使土壤板结，失去柔软性和弹性，降低通水性能。长期施用化肥，土壤胶体上的钙离子不断更换，在雨水和灌溉水的冲洗下，硫酸铵、氯化钙被冲洗到土壤下层，导致耕作层缺钙，破坏土壤结构，使土壤板结，肥力下降，蔬菜生长势差，产量下降。
2、由于良好的土壤结构，除了含有大量有机质外，一般含有丰富的钙，缺钙的土壤结构更好，不固定，容易破坏，只有含有一定钙的土壤，钙水稳定性团粒结构才是理想的土壤，能够生产出高产质量的蔬菜。
四、土壤酸化
1、经常施用化肥会造成土壤的酸化危害，硫酸铵、氯化铵、氯化钾、过磷酸钙等酸化肥在连年大量施用蔬菜地后，会使土壤中残留大量的酸类物质，使中性土壤酸化，酸性土壤更酸化，破坏土壤微生物区系，不利于大部分蔬菜的正常生长。
2、长期施用化肥，特别是连年多次施用硫酸铵、硫酸钾、氯化钾等，只能增加土壤中硫酸根离子和氯离子的含量，这两种离子对土壤是有害的离子，不仅对蔬菜的生长有害，还对土壤产生二次盐的污染，破坏土壤结构，影响蔬菜对其他营养元素的吸收。
3、蔬菜地长期过量施用化肥，不仅会对蔬菜造成危害，还会妨碍蔬菜对其他营养元素的吸收，造成缺素症。例如，过量施用含氮化肥会导致蔬菜缺钙。过多的硝态氮会导致钼缺失。过多的钾会降低钙、镁和硼的有效性。过多的磷会降低钙、锌和硼的有效性。
