有机木耳绿霉病
症状：菌袋、菌种瓶、段木接种孔周围及子实体受绿霉菌感染后，初期在培养料段木或子实体上长白色纤细的菌丝，几天之后，便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落变为绿色，粉状。
防治：(1)保持耳场、耳房及其周围环境的清洁卫生。(2)耳房、耳场必须通风良好，排水便利。(3)出耳后每天喷1次1%石灰水，有良好的防霉作用。(4)若绿霉菌发生在培养料的表面，尚未深入料内时，用PH10的石灰水擦洗患处，可控制绿霉菌的生长。
烂耳
症状：耳片成熟后，耳片变软，耳片甚至耳根自溶腐烂。
防治：(1)针对烂耳的原因加强栽培管理，注意通风换气，光照等。(2)及时采收，耳片接近成熟或已经成熟立即采收。(3)可用25mg/kg的金霉素或土霉素溶液喷雾，防止流耳。
耳菌块防霉菌
产生原因：有机木耳菌块霉菌污染是导致有机木耳菌块减产，影响产品质量的一个重要原因，青霉、木霉是木耳菌块上最常见的杂菌。
防霉措施：(1)选用抗霉能力较强的菌株。(2)选用新鲜原材料越夏。(3)在培养料中增添抗霉剂，目前认为比较有效的方法是用有机肥。压块用具和薄膜都要用0.1高锰酸钾溶液消毒。压块后1周时间内，菌丝尚未完全恢复，若有霉菌出现，可用饱和石灰水清液涂抹患处。(5)保护环境清洁出木耳期间，在采收第1批木耳后，每3―5天在地面喷1次1%石灰水，或1 %―2%煤酚皂溶液，或0.1%多菌灵，可交叉使用，以控制杂菌生长。(6)室内发菌，室外出耳，被认为是木耳菌块栽培的一项有效的防霉措施。(7)加强水分管理，要根据菌块水分散失情况和空气流量。
蓟马
为害状：有机木耳从幼虫开始危害有机木耳，侵入耳片后吮吸汁液，使耳片萎缩，严重时造成流耳。
防治：用500―1000倍40%乐果乳剂、1000―1500倍50%可湿性的敌百虫药液、1500倍马拉硫磷喷杀。
伪步行虫
为害状：成虫啮食耳片外层，幼虫危害耳片耳根，或钻入接种穴内至食耳芽，被害的耳根不再结耳。入库的干耳回潮后，仍可受到危害。
防治：清除栽培场所的枯枝落叶，施用有机肥。
