1、瘟病。瘟病是生姜贮藏中的重要病害。是一种传染性贮藏期病害，贮藏中一旦条件适宜，就逐渐传染蔓延。病姜姜块灰暗无光泽，切开有黑心或黑形，颜色越深，病情越重。有时虽未发现黑心现象，但也应加强防治和管理。方法是：贮藏前，严格剔除病姜。
种姜要选择健壮，色泽纯正，发姜力强，无病斑，无损伤，品种特性典型的整块生姜做种。采收后置于阳光下暴晒1天～2天，杀死病菌和晒干表皮。让种姜多蒸发掉一些水分，以防因水分过多入窖后发热腐烂。贮藏期间，应随时检查，发现瘟病及时清理，以免传染。
2、霉菌病。是在生姜表面出现一层黑斑块或烂皮，在块茎受伤、环境又适宜的情况下容易发生。随着病情的发展，白霉菌和黑霉菌逐渐的向块茎内渗透。防治方法是：搞好贮藏窖的消毒。目前常用的消毒方法是烟熏和窖内撒施一定量的生石灰两种方法，简单易行，效果都很好。
3、冷害。生姜贮藏中，由于冷热不均，通风不当，冷空气突然进入贮藏环境，使生姜在生理上发生劣变而受冻。这是一种由低温引起的生理病害。受冷害后的生姜易出水，很快就变质腐烂。防治方法是：注意天气的变化，加强防冻保暖措施。最低气温下降到8℃左右时，在姜窖上面盖上稻草保温，开始盖5厘米～7厘米厚，以后随温度的下降逐渐加厚稻草，最后盖上泥土。
