辣椒芽枝霉果腐病病斑圆形、近圆形，大小10～30毫米，甚至更大，淡褐色。湿度大时病部密生开始为白色，后转为黑绿色绒状霉层。
农业措施，培育无病壮苗，加强肥水管理，施足粪肥，及时追肥，控制灌水，加强通风，降低湿度。使用无滴膜，经常清除棚膜上灰尘，增加透光率。果实成熟后，发现病果及时摘除，深埋处理。
药剂防治，在发病前用植物细胞免疫因子进行预防，提升植物抗逆性，可使病毒DNA断裂凋亡。强大免疫功能，诱生干扰素和活性细胞介素，抑制残余病毒复制。在发病后用针对性的药剂加新高脂膜进行有效防治，每7天左右喷药1次，连续防治2～3次。
