芥末田间管理应主要做好肥水管理、病虫防治，适时采收等方面的工作。早春播种的黄昏采出苗较晚，约需7-12天，晚春及夏秋播种的芥末，由于气温高，只需3-5天即可出苗，芥末播种后至出苗期间，若天气干旱，要勤浇水，保持畦面湿润，在芥末生育期内，除施用基肥外，还需要及时进行追肥，才能获得高产。
当幼苗两片真叶时，进行第一次追肥，每亩施用硫酸铵10-15公斤。10-20天后进行第二次追肥。肥料种类及数量同第一次追肥。每次采收后，都应及时追肥，并以追肥速效氮肥为好，每次追肥后均应浇水。旱春播种的芥末前期适当控水，后期则要求肥水充足。
芥末无论何时播种，在肥水充足的情况下，表现营养生长旺盛。茎叶肥嫩。品质也好。芥末植株，生长健壮，一般较少发生病虫害，但有时发生白锈病，此病的症状是，叶面出现黄色病斑，叶背群生白色圆形隆起的孢子堆，俗称“白点”。
