水萝卜多年生草本，高0.5～1.5米，全株无毛。根肥大，肉质，倒圆锥形。
水萝卜外皮淡黄色或灰褐色，内面黄白色。茎直立，圆柱形，有纵沟，肉质，绿色或红紫色，多分枝。
叶片薄纸质，椭圆形、长椭圆形或披针状椭圆形，长10～30厘米，宽4.5～15厘米互生，顶端急尖或渐尖，基部楔形，渐狭，两面散生细小白色斑点（针晶体），背面中脉凸起；叶柄长1.5～3厘米，粗壮，上面有槽，下面半圆形，基部稍扁宽。
总状花序顶生或与叶对生，圆柱状，直立，通常比叶短，密生多花；花序梗长1～4厘米；花梗基部的苞片线形，长约1.5毫米，上部2枚小苞片线状披针形，均膜质；花梗细，长6～10（～13）毫米，基部变粗；
花两性，直径约8毫米；花被片5，白色、黄绿色，椭圆形、卵形或长圆形，顶端圆钝，长3～4毫米，宽约2毫米，大小相等，花后常反折；雄蕊8～10，与花被片近等长，花丝白色，钻形，基部成片状，宿存，花药椭圆形，粉红色；
心皮通常为8，有时少至5或多至10，分离；花柱短，直立，顶端下弯，柱头不明显。果序直立；浆果扁球形，直径约7毫米，熟时黑色；种子肾形，黑色，长约3毫米，具3棱。花期5～8月，果期6～10月。
