东北各地多采用地沟冻藏，地沟分活沟和死沟两种。一般在风障、温室或立壕北侧的遮阳处挖一个宽、深各30厘米或宽70―100厘米，深30―70厘米的活沟。在活沟底顺沟长方向挖1―3条宽深各20―25厘米的通风道，通风道峡谷侧穿过窖沟的两端到地面上，通风道上面可稀蔬横放些单层秫秸，把香菜放在上面贮藏。
供冬藏的香菜，播种期应比直接上市采用松扎袋口的办法。扎袋时用2厘米粗的木棒插入袋口，扎紧后再抽出木棒，将口边卷起。贮藏期间不用开袋放风，的晚几天，收获期也应晚些，一般在早晚地面结冻，中午融冻时收获为宜。采收的香菜去掉泥土，摘去黄叶，1―1.5公斤捆成把或撒放在沟内，根身内，叶面撒一层沙土或沟面上盖一层秫秸，以后随气温下降，分2―3次加覆盖物，覆土总厚度为20―25厘米。严寒的季节可再在上面加盖草苫，沟内温度维持在-5―4℃，使香菜叶片冻结，根部不冻为宜，此法可贮到翌年2月底。香菜了出窖后要缓慢解冻，不能急躁。
