柠檬的选种采收应选择树干圆满满通直、尖削度小、无分叉、开花结实性能好、具抗病虫害、抗风能力强的树皮灰青色10-30年生的优势木作为母树，这样进行采种柠檬繁殖能力强，每年3-4月、11-12月各开花一次，花期很长。9-11月和次年的6-7月种子成熟。成熟后不脱落，不开裂，一年四季均可采种，熟时蒴果成瓶状，外表由嫩绿转为暗绿色以至灰褐色。
柠檬开花结实较早，栽植后4-7年即可开花结实，结实旺盛期达10-40年，当蒴果由青色变为黄褐色便可采收。种子成熟期5-7月，采收期8-10月。成熟的受精种子饱壮坚实，呈黑色且具光泽，发芽率较高，种子质量较好。
种子采回后可用干燥方法脱粒取种。一般将蒴果置于干净的地面上或倒在帆布、草席上，蒴果干燥后即可开裂，种子与瘪粒脱落，翻动过筛即可。每天傍晚都要将脱落的种子收拾，防止蚁害、雨淋或过度日晒影响发芽力。柠檬果盘下陷，果瓣需要在阳光下曝晒20小时以上才能脱落完毕。
收种后除去杂质即翻种。如需贮藏，可装入布袋，置于干燥、阴凉、通风处，发芽率保存期2年。出种率3%-4%，种子发芽率70%-85%，千粒重4.7克，每公斤种子约20万粒。
