果实受害往往从蒂部开始，病斑初为针头状大小的褐色小点，以后逐渐扩大为圆形、中央深褐色、周围灰褐色呈水渍状的大病斑。最后果实的大部分变为褐色腐烂，果肉变质味苦，无食用价值。病部密生白色粘质物，为病菌的分生孢子团。

菠萝蜜蒂腐病是属于真菌性病害，其病原为可可球二孢菌，分生孢子初为无色单胞，后为褐色双胞，表面具纵纹，卵圆形至椭圆形，菠萝蜜蒂腐病菌是一种寄生性较弱的真菌。

该病菌是以菌丝体和分生孢子器在病枝及病果上越冬。第二年春，气候条件适宜时，长出大量的分生孢子作为初次侵染来源，侵染菠萝蜜的幼果。由于幼果的抗病性较强，故病菌侵入后潜伏在果内，待果实开始成熟时，抗病性较低时便陆续出现症状。此外，病菌还从伤口侵入，挂果期间受台风侵袭或虫害所造成的果面受伤，都是病菌的侵入的重要途径。防治此病的关键措施是要在幼果期喷药保护，尤其台风雨过后要特别加强喷药保护。主要药剂有：70％甲基托布津可湿性粉剂800倍液，40％氧氯化铜悬浮剂500倍液，75％百菌清可湿性粉剂800倍液，1％波尔多液。

其次，在生产管理采收时要尽量减少果实受伤，在贮藏运输时，最好用纸进行单果包装，以避免菠萝蜜病果相互接触，增加传染。