番木瓜存在雄株、雌株和两性株，花性和株性都很不稳定，在自然情况下能自行或借助蜂、蝇授粉而结果，甚至能单性结实，但多数品种存在自花不亲和现象，有一定自花亲和性的品种其白花结实率低于异花结实率。
选择适宜的品种进行人工授粉，不仅能提高番木瓜的坐果率，还可以增加单果重。
蜜红的适宜授粉品种依次为马来西亚、红妃；马来西亚的适宜授粉品种依次为日升、蜜红、台农5号；台农5号适宜授粉品种依次为蜜红、马来西亚；红妃的适宜授粉品种依次为马来西亚、H升、台农5号；日升的适宜授粉品种依次为马来西亚和台农5号，马来西亚与蜜红、日升可以相互作授粉树。
