1、虫害鼠害污染：会造成饲料的营养损失，还会在饲料中留下毒素。2、微生物类污染：会滋生黄曲霉菌、青霉菌等有害微生物。3、抗营养因子污染：会干扰畜禽对饲料养分的消化、吸收和利用。4、有害化学物质污染：包括农药污染、“三废”污染和营养性矿物质添加剂污染。5、非营养性添加剂污染：不遵守使用原则，药物及其代谢产物会残留。
一、虫害鼠害污染
虫害会导致饲料营养损失，或者在饲料中留下毒素。在温度适宜、湿度大时螨类对饲料危害大。鼠害不仅会导致饲料损失，还会导致饲料污染和疾病传播。
二、微生物类污染
饲料滋生黄曲霉菌、青霉菌、赤霉菌、镰刀霉菌等有害微生物，会产生黄曲霉菌毒素、赤霉素、赤霉烯酮等对畜禽有害的毒素。其中黄曲霉毒素毒性最强。
三、抗营养因子污染
饲料中的抗营养因子主要有蛋白酶抑制因子、碳水化合物抑制因子、矿物元素生物有效性抑制因子、拮抗维生素作用因子、刺激动物免疫系统作用因子等。它们的存在会妨碍畜禽对饲料养分的消化、吸收和利用。
四、有害化学物质污染
有害化学物质污染主要包括农药污染、工业“三废”污染、营养性矿物质添加剂污染等3类有害化学物质。
五、非营养性添加剂污染
抗生素、激素、抗氧化剂、抗霉菌剂和镇静剂对预防疾病、提高饲料利用率和生长速度有很大作用，但如果不严格遵守使用原则和使用对象、安全用量和停药时间，药物及其代谢产物会在肉、蛋、牛奶中残留，并通过畜禽排泄物污染环境。
六、加工过程中产生的毒物交叉污染
加工技术控制不当，饲料中成分复杂的添加剂在粉碎、运输、混合、制粒、膨化等特殊加工中产生分解反应、氧化还复反应，产生复杂的化合物。因此，在饲料加工生产过程中，应注意清洁设备，避免饲料在运输和混合过程中分解和残留。
