以下九个方面都可能是引起胚胎发育，导致胚胎死亡或雏鸟体弱、发育受阻等，死亡率高。针对下述诱因，加以研究和改进，会提高孵化效果。
(一)近交系数高，影响孵化率
近交系数高，近交可以导致一系列的衰退现象，种蛋孵化率低，胚胎胎位不正，早期死亡高。雏鸟出壳能力弱，无力破壳，导致死在壳内。雏鸟体弱，多数为弱雏，生长缓慢，死亡率高。亲代没有血缘关系、品种间(如红颈X黑颈)，品系间杂交生命力强，种蛋孵化率高。
(二)种鸟营养不良影响孵化率
种鸟营养缺乏，导致种蛋的营养不均衡，孵化过程中引起胚胎早期、中期死亡或雏鸟畸形。
1、维生素 E，维生素A缺乏使血液循环受阻、失调导致胚胎死亡。
2、维生素 B12缺乏引起甲状腺肿大、出血、水肿、失明。
3、核黄素、生物素缺乏引起软骨发育不正常，骨短小，卷曲趾，腿细。
4、维生素D3缺乏或磷、钙不足、比例失调，引起骨骼畸形。
5、微量元素锰、锌缺乏，引起骨骼发育不正常，软骨、腿骨短、畸形。
(三)种鸟患大肠杆菌，沙门氏杆菌等传染病影响孵化率
大肠杆菌、沙门氏杆菌可垂直传播给种蛋。孵化时即使胚胎发育完全，孵化后期因卵黄感染、肿大，而死亡在蛋壳中。出壳的雏鸟腹部肿大，脐带闭合不全，有炎症，成活率低。
(四)蛋的重量与质量影响孵化率
1、种蛋的重量 作为种蛋其重量一般以1000—1500克为宜。蛋过大(1600克以上)，气室相对小，胚胎后期发育不良，出壳困难或出壳后雏鸟体弱。蛋过小(900克以下)，雏鸟多为弱雏，成活率很低。
2、蛋的形状 以卵圆形最好。长形蛋、尖蛋、特圆的蛋、软蛋、畸形蛋，其蛋内结构不正常，影响胚胎发育，孵化效果差。
蛋的形状往往以蛋形指数来表示，蛋形指数=蛋的短径÷蛋的长径x100%，指数越小说明蛋趋向圆形，指数越大说明蛋趋向长形。
3、蛋壳质量 良好的蛋壳，表面呈淡米黄色并均匀分布一层透明、光滑、明亮的釉质膜，气室在蛋的钝端(大头)。蛋壳上气孔明显，许多气孔集中在蛋的钝端部位。蛋表面粗糙，缺少釉质膜无光泽的蛋、簿皮蛋、沙皮蛋等，在自然条件下容易被污染。在孵化时这种蛋很难起到蛋壳保护胚胎正常发育的功能，胚胎随时都可以死亡。
4、被污染的蛋 蛋被粪、尿、雨水浸泡污染，有害菌通过蛋壳上的气体进入蛋内，危害胚胎发育，容易出现臭蛋。
(五)孵化前种蛋处理不当，影响胚胎发育，导致胚胎前期死亡。
1、贮蛋室内的温度、湿度、卫生条件不达标影响胚胎发育。贮蛋室内的温度要控制在18摄氏度左右，不能高于23摄氏度，因为23摄氏度是种蛋发育的临界温度，高于23摄氏度，胚胎细胞开始分裂，胚胎发育在缓慢进行，这样的种蛋入孵后会导致弱胚或死胚。
贮蛋室相对湿度控制在60%—70%。不能高于80%，湿度高于80%以上，有利于细菌的滋生，种蛋易污染，影响蛋的质量。
贮蛋室要定期消毒，灭杀病源菌，保持清洁、卫生，防止种蛋污染。
2、种蛋的存贮时间影响胚胎发育。实践证明，贮存温度和入孵时间最理想的配伍为:贮蛋室摄氏18-20度时，种蛋贮存7天入孵;贮存温度摄氏16-18度;最多不超过15天入孵;贮存温度摄氏为12度，入孵时间不得超过30天的贮存期。在此期间要经常翻蛋。不遵守上述存贮原则，种蛋贮存时间过长，贮蛋室温度高，入孵后胚胎发育很弱，出现胚胎早期死亡。
3、熏蒸消毒用药量多、或熏蒸时间长，胚盘受到了严重刺激，会导致胚胎死亡。
(六)孵化期间温、湿度对孵化效果的影响
由于孵化温度不正确，影响蛋内各种酶的活性，而使各种组织器官发育失调，影响胚胎发育，甚至导致胚胎早期或晚期死亡。出雏的雏鸟质量也差。
1、孵化温度偏高会出现：
(1)胚胎发育快，出雏早，雏鸟弱，且生长停滞。
(2)胚胎破壳困难，常死在壳中。
(3)雏鸟常出现共济失调等神经障碍。
2、孵化温度偏低会出现：
(1)胚胎发育缓慢，推迟出壳时间。
(2)雏鸟卵黄囊未吸收或吸收不良。
(3)雏鸟脐带封闭不全，有炎症。
(4)出壳时残余蛋清使雏鸟与蛋片粘连，会伤害雏鸟皮肤。
(5)雏鸟弱小，发育受阻，死亡率高。
3、 孵化湿度偏高，会出现：
(1)蛋内水分散发(失重)困难，严重时影响胚胎气体交换、胚胎水肿，无力出壳，死于壳中。
(2)出壳的雏鸟多数是湿雏、体弱，往往伴随腹部肿大、水肿，脐带闭合不全，易感染发炎，死亡率高。
4、孵化湿度偏低会出现：
(1)雏鸟弱，生长停滞。
(2)骨骼发育不正常。
(3)颈部弯曲。
(七)孵化期间翻蛋间隔时间过长或停止翻蛋，影响孵化率
孵化期间翻蛋间隔时间过长或完全停止翻蛋，引发胎位不正，易出现雏鸟曲颈、脚趾扭曲等畸形雏鸟或出现胚胎死亡。
(八)孵化机通风失控，影响孵化率
孵化机通风失控，机内二氧化碳和氧气平衡失常，供氧不足，引起后期胚胎窒息死亡。
(九)停电会引起胚胎死亡
因停电原因导致孵化机停止运转，机内温度降低。凉蛋时间超过3个小时，胚胎死亡。
鸵鸟种蛋的孵化率是一项综合性指标，影响它的因素很多，但最主要是鸵鸟种蛋的质量和孵化期的管理。抓好以下几点，孵化率就会大大提高。
（一）拾蛋种蛋产出后要及时拾起。不能让太阳长时间曝晒，因高温会增加胚胎内温度，并会使胚胎致死。冬季时也不能让种蛋受冻，收取种蛋不能用手拿，要用消毒好的毛巾包起来，马上送到孵化室。
（二）消毒种蛋的消毒比较常用的方法有两种：一是洗蛋，洗蛋前必须把种蛋表面的泥土或污垢轻轻刷掉，然后用比例为1∶600的百毒杀溶液淋洗或喷洒。洗净之后即在空气中自然干燥，切记不能用湿布擦；二是熏蒸，熏蒸时一定要控制好用药剂量和时间，一般每立方米用40％的福尔马林15毫升和7．5克的高锰酸钾，熏蒸时间一般不超过17分钟。
（三）贮蛋种蛋消毒后马上放入贮蛋室，种蛋的贮存一般不超过7天。种蛋贮存时应把蛋的气室朝上。贮蛋室的温度应控制在13～16℃之间，最好不超过17℃，湿度控制在45％左右，不超过60％。贮蛋室空气要流通，蛋在贮存时间不要随意翻动。
（四）温度孵化温度是孵化能否成功的决定因素，如高温低湿孵化，会使蛋内膜干燥，把胚胎包紧，肠胎发育较弱，成活率低；同样，低温孵化则会延长孵化时间和造成出雏前卵黄不吸收、水肿鸟等，出壳率也低，所以孵化温度不得低于36℃。具体情况要根据不同季节、不同孵化期和南北地区温度差异来掌握。
（五）湿度孵化的湿度也是影响孵化率的重要因素。孵化湿度过大，容易造成水肿鸟；孵化湿度过小，则会使胚胎失重过大，造成胚胎弱小而死亡。孵化的湿度一般以种蛋孵化的失水率来决定，一般种蛋孵化的最适湿度一般为22％，若湿度太多则要对孵化室内空气进行除湿处理。
（六）换气和翻蛋换气和翻蛋也是影响种蛋孵化率的的因素之一。胚胎发育要呼吸，从空气中吸入氧气，呼出二氧化碳，缺氧则会导致胚胎死亡和弱雏增加。目前使用的进口和国产孵化机均可保证空气的交换，不致造成缺氧，但必须保证进入孵化机内的空气是新鲜的。另外，为了保证种蛋受热均匀和防止壳膜粘连，可以设定孵化机2小时翻转1次（90度角），或每小时翻转1次也可。
（七）孵化设备我国引进鸵鸟以来，一直使用进口的孵化设备，从孵化效果看，国产机器可以与进口机器媲美，但由于国产的孵化设备因无除湿系统，故必须对孵化室内的空气进行除湿处理。
除以上几点外，孵化室工作人员必须严格遵守环境卫生消毒制度。工作人员进入孵化室必须淋浴、更衣、换鞋和踩消毒水、非工作人员不得进入孵化室。只有这样，才能更好、更有效地提高种蛋的孵化率。
