茸鹿的育种方法有纯种选育法和杂交选育法两种。杂交选育法是以纯繁为基础的迅速大幅度提高茸鹿生产力的主要方法，应大力开展。
1、纯种选育法茸鹿的纯种选育是指以梅花鹿、马鹿等进行本品种繁殖选育提高的方法。建国以来，尤其是近十几年来，人工选育成了双阳梅花鹿、西丰梅花鹿和塔里木马鹿3个品种和长白山梅花鹿、天山马鹿清原品系两个品系。在重点国营鹿场组建育种核心群，鹿场之间串换种鹿，进行亲缘更新，鹿茸成品茸单产比建国初期的400克提高1倍以上，而繁殖成活率比过去提高10％以上，达到80％左右。
养鹿：鹿病防治 养鹿繁殖育种
2、杂交选育法系采用不同品种、品系和类型的公母鹿进行交配、繁殖选育的方法。旨在获得高产的后代，进而通过回交、级进杂交、2-3代杂种间的横交育成新的品系、类型、品种。近30年来，在吉林、辽宁、黑龙江、四川、上海、青海、新疆、广东、河南、山西等省、自治区、市的几十个典型国营鹿场及集体鹿场，曾先后开展了东北梅花鹿与东北马鹿、东北马鹿与天山马鹿、水鹿与天山马鹿、塔里木马鹿与天山马鹿、东北梅花鹿与青海马鹿、东北梅花鹿与塔里木马鹿、东北梅花鹿与天山马鹿、白唇鹿与东北梅花鹿、白唇鹿与马鹿、水鹿与东北梅花鹿、东北马鹿与双阳梅花鹿、东北马鹿与阿勒泰马鹿、天山马鹿与阿勒泰马鹿等种间、亚种间的杂交试验。多数鹿场获得了产茸量、产肉量、生活力、抗病力、繁殖力明显提高的杂种后裔。其中，坚持较好的为东北梅花鹿与东北马鹿的杂交，时间长，规模较大，经济效益明显；而效果更为显著的东北马鹿与天山马鹿的杂交，虽然起步较晚，但是发展快，现正在继续进行一代杂种的级进杂交、二代杂种的横交，向杂交育种方向发展。
3、引种与风土驭化引种系指从国外或外地引人鹿的优良品种、品系或类型群，用来直接推广或作为改良当地及本场品种或类型群的种鹿；风土驯化则是指引人的鹿种适应新环境条件的变化过程。引种和风土驯化成功的主要标准是：茸鹿被引到新的地方，在新的环境条件下不但能生存、繁殖，正常的生长发育，而且能保持其原有的基本特征和遗传特性，甚至产生了某些有益的变异。如新疆天山马鹿先后被引人辽宁、吉林、黑龙江和内蒙古等省（自治区），虽然头几年繁殖较差，但是，适应性、耐粗饲等主要优良特征表现突出，后来不仅在产茸量方面超过原产地鹿近50% ，而且繁殖力已明显高于东北马鹿，其茸毛向短、稀、色深方向发展。东北梅花鹿引至广东、广西、江西等省（自治区），风土驯化也很成功。而驯鹿和塔里木马鹿在我国至今未见有引种和风土驯化成功的报道。为了引种成功，要根据引种的目的、当地的自然条件、气象因素、饲料和饲养管理条件、引人种鹿的适应程度和疫情，正确选择引人的鹿种（包括精液），应选择健康、无亲缘关系、无生殖生理缺陷、符合种鹿标准的高产鹿或其后裔。特级种鹿以刚锯下茸时就起运为佳。对于引入的种鹿要隔离一段时间，进行检疫并加强饲养管理，进行适应性驯化，以尽快达到风土驯化的目的。
