由于繁殖是一个极其复杂的过程，有机体内部各器官系统必须有条不紊地互相协调，紧密地配合。扬子鳄与其栖息地的环境在长期的历史发展过程中形成极其密切的关系，一旦关系被破坏，就会引起生理上的紊乱，导致生殖细胞不能正常发育和生殖。为了尽可能保持鳄的野生生活状态，必须注意以下问题。
(一)饲养密度 我们知道野生成年鳄喜独居，在人工饲养条件下，为了节省饲养空间，降低饲养成本，人为地强迫它们聚居于较小的空间内，这样就会相互干扰，引起神经内分泌系统的紊乱，从而影响性腺的发育。陈壁辉老师他们于1982年在半自然饲养区初建成时饲养了150条鳄，饲养区总面积为5684米2 ，水面约为1850 米2 ，平均每条鳄占地39.1米2 , 实际活动面积为11.7米2 ，在这样高密度下饲养，声出现抢占晒阳地和抢食等现象。1983年将半自然饲养区扩大了近1倍，使每条鳄的实际活动面积增加到24.6米2，互相干扰现象减少，这为鳄的性腺正常发育创造了条件。这样饲养的鳄总体生长发育较好。
(二)越冬条件 冬眠期间是鳄的性腺发育非常重要的时期，此时，虽然其他的一切生理机能都极低下，然而性腺发育却非常迅速，因此越冬环境能否满足鳄的要求，是关系到性腺能否顺利发育的重要条件。一般来说，在饲养条件相似的情况下，鳄在自己建造的洞穴中越冬的，其性腺发育很好;而在人为条件下越冬的，性腺发育则很差。曾进行过试验，在半自然饲养区建造适合鳄越冬的洞穴，但是不少鳄却摒弃人造洞穴，而自己建造洞穴，这就保证了在越冬期间性腺的正常发育。
(三)饲料问题 野生鳄的食物是多样化的，而人工饲养往往主要以喂鱼为主，造成食物单一。据L.Mcnease 对密河鳄实验，饲喂海狸鼠加多种维生素的鳄比以鱼为主食的鳄生长快，繁殖率也高。合理的饲养可以用鱼加鹅、鸭、田螺、河蚌，同时在饲养区内投放一些活蛭类供鳄自由捕食，这样鳄便可以获得较全面的营养，为性腺发育提供较全面的物质基础。
(四)减少干扰 野生鳄的生存环境很少有人类的介入，所以在人工饲养区，要保持安静。特别是在繁殖期间，除了要降低人工饲养的密度，以防止鳄之间彼此的相互干扰外，还要防止人为的干扰。可在饲养区内周围种植一些树木，并禁止无关人员进人，从而减少干扰，给鳄创造一个安静的生活环境。
(五)繁殖环境 一般来说，在鳄产卵前要为其提供一定量的杂草、小树枝等，供其筑巢产卵。
