稻鸭共育的鸭品种选择要考虑的因素，一是鸭的个体较小，适宜在稻田秧行中穿行，且行动敏捷，除虫、除草、浑水效果好，同时要求鸭的耐水性强，能长时间在稻田中活动。二是鸭产品上市的经济性，即饲养日龄、上市体重、上市蜻蜓点日龄。市场上体重达1.5kg以上、饲养期3月龄以上的麻鸭售价高(作肉鸭可以煨汤，作蛋鸭可即将开产)。
稻鸭共育一个批次结束后的鸭，作为产蛋用鸭则宜选择个体相对较小的高产蛋鸭，这种鸭各地均有收购市场，由蛋鸭生产者购买用作产蛋。这种青年蛋鸭一般要求饲养期95d左右，两翅主翼羽交叉即将开产，其价格一般收购价18元一只，其售价高于相同体重的麻羽肉鸭。作为肉鸭上市，则宜选择个体相对较大的肉蛋兼用品种或肉蛋兼用种与蛋鸭、野鸭杂交的后代，70～80日龄体重达到1.5kg以上，适合民间传统加工用。达此体重的鸭，肌间和肌内脂肪有一定沉积，鸭的口味优于快速肉鸭，肉鸭屠宰厂和活鸭市场大批收购，产品不愁销。
鉴于上述因素，稻鸭共育的鸭种选择，蛋鸭品种推荐饲养绍兴鸭及其配套系(江南一号、江南二号、白壳一号、青壳二号)、金定鸭、苏邮二号鸭、缙云麻鸭、荆江麻鸭等，这类蛋鸭年产蛋平均300枚左右，平均蛋重68-70克，也较适合再制蛋加工需要。肉鸭推荐饲养肉蛋兼用品种中个体相对较小的沔阳麻鸭，或以高邮鸭等体型较大的地方肉蛋兼用品种公鸭与高产蛋鸭母鸭杂交，生产既适合稻田养鸭又适合市场俏销的优质麻羽肉鸭。在日本稻鸭共育的鸭种叫“合鸭”，即家鸭与野鸭杂交的鸭，这种鸭役用性能和耐水性好于家鸭，是稻鸭共育的专用鸭种。此外国内镇江也开展了稻鸭共育的役鸭培育，其方法也是用野鸭的公鸭与蛋鸭母鸭杂交，培育出专供稻鸭共育的役鸭一号、役鸭二号，具报道鸭的耐水性达25h。这种专用役鸭作为肉鸭，鸭的风味好于家鸭。湖北在推广中，也有利用纯种野鸭进行稻鸭共育，除草、除虫效果较好，只是稻鸭共育结束后，鸭的体重偏小，仅1公斤左右，但通过半月圈养，体重可达1公斤以上，因售价高，只平均可获4-5元收入。
