1.苗种问题
全人工育苗成功解决了海参养殖的苗种数量问题，但随之而来的苗种质量问题一直困扰着广大养殖者。育苗生产不规范，造成苗种质量下降，直接影响了海参养殖生产的全过程。
2.环境问题
首先是选址问题，没有根据海参生物学特性选址，特别是忽视了无水污染、无大量淡水流入、适宜的生长环境等自然条件。其次是池塘建造不合理，池形设计不科学，容易产生死角，甚至有的池塘形成了“盘子底”或楔子形池塘，不利于水体交换;池塘深度不够，在夏季高温季节不能有效的减缓日光照射，抑制水温升高，冬季不能防止水温突变对海参造成的不良影响;配套设施不全，有的海参养殖池进、排水口共用，不利于水体循环。最后是虾池改造的养参池没有清除池底的污物、杂物，特别是没有清除丝状藻，在沉积物较厚的地方没有翻耕曝晒或反复冲洗以促进有机物分解排出，容易引起水质败坏;新建养参池也没有经过浸泡冲洗和阳光曝晒，以清除土壤中的有害析出物，为有益生物的繁殖创造条件。
3.放苗密度问题
有些养殖者为了追求高利润，盲目加大投苗量。如体长为2cm～3cm的参苗投放密度以8000头/亩～15000头/亩为宜，但有些养殖者投放密度达到5万头/亩～6万头/亩，大大超过池塘承载能力，池塘生态环境恶化，加大了海参生存压力，也是海参在1～2个养殖周期内就发生病害的主要原因之一。
4.饵料单一，营养不足问题
人工养殖海参密度较大，仅靠天然饵料生物不能满足海参生活、生长的需要。投喂饲料的品种过于单一，造成海参营养缺乏，体质下降;过度投喂又影响养殖水质，恶化海参生活、生长环境。
