1.1土壤还原法 把奶牛粪尿作为肥料直接施入农田的方法称为土壤还原法。奶牛粪尿不仅供给作物营养，还含有许多微量元素，能增加土壤中有机质含量，促进土壤微生物繁殖，改良土壤结构，提高肥力，从而使作物获得高而稳定的产量。需要强调的是，粪便利用此种方法作为肥料时应做到：一是不论用何种方法施肥，均要在粪便施入土地后经过翻耕，使鲜粪尿在土壤中分解，不会散发恶臭气味，也不会招引苍蝇而造成环境污染;二是奶牛排出的新鲜粪尿须及时施用，否则应妥善堆放。
1.2腐熟堆肥法 利用好气微生物，控制其活动的水分、酸碱度、碳氮比、空气、温度等各种环境条件，使之分解奶牛粪便及垫草中各种有机物，并使之达到矿质化和腐殖化的过程。此法可释放出速效性养分并造成高温环境，能杀菌、杀寄生虫卵等，最终能使土壤直接得到一种无害的腐殖质类肥料。通常土壤施用量比新鲜粪尿多4～5倍。粪便堆腐的方法有坑式及平地两种。坑式堆腐是我国北方传统的积肥方式，采用此种方式积肥要经常向舍内添加垫草，以吸收粪便中水分及其分解过程中产生的氮。一般粪与垫草的比例以1∶3～4为宜。平地堆腐是将奶牛粪便及垫草等清除至舍外单独设置的堆肥场地上，平地分层堆积，使粪堆内部进行好气分解，控制好堆腐条件。
1.3粪便的生物能利用 利用奶牛粪便与其他有机废弃物混合，在一定条件下进行厌气发酵而产生沼气，可作为燃料或照明，以回收一部分生物能。利用奶牛粪便生产沼气回收能量需要一定的投资，但沼气发酵残渣液中含有大量的氨态氮，可做肥料、饲料等，综合利用的价值远远超过生产沼气的前期投入。将粪便沼气发酵从单独的能源利用转化为综合利用也是解决环境污染，建立新的生态平衡，其良性循环是农业生产体系的发展方向。
沼气生产：沼气是一种无色、略带臭味的混合气体，可以与氧混合进行燃烧，并产生大量的能量，每立方米沼气的发热量为20～27MJ。需要说明的是粪便产生沼气的条件，首先是保持无氧环境，可以建造四壁不透气的沼气池，上面加盖密封;其次是需要充足的有机物，以保证沼气菌等各种微生物正常生长和大量繁殖，一般认为每立方米发酵容积每天加入1.6～4.8 kg固形物为宜;第三是有机物中碳氮比适当，在发酵原料中，碳氮比一般以25∶1时产气较高;第四是沼气菌的活动温度以35 ℃最活跃，产生的沼气快且多，发酵期约为1个月;第五是沼气池保持在PH6.4～7.2 h产气量最高。一般情况下发酵液可能过酸，可用石灰水或草木灰中和。
奶牛粪便发酵连续时间一般为10～20 d，然后清出废料。在发酵时，粪便应进行稀释，通常发酵池干物质与水的比例以1∶10为宜。在发酵过程中，对发酵液进行搅拌，能够促进发酵，增加能量回收率和缩短发酵时间。奶牛粪便经沼气发酵的残渣中95%的寄生虫卵被杀死，同时残渣中还保留了大部分养分。奶牛粪便经沼气发酵除获得能量、减少了疾病的传播，还可作饲料、肥料等进行多层次的开发利用。
