1、pH值是水质的重要指标水的pH值(酸碱度)是水质的重要指标，海水养殖pH值一般控制在7.5～8.5之间,淡水养殖pH值一般控制在6.5～9.0之间。pH值过高或过低，对龟鳖养殖动物都有直接的损害，甚至会造成死亡。pH值低于6.5的水可使石金钱龟的血液中的pH值下降，削弱其血液载氧的能力，造成自身患生理缺氧症。
2、氨氮毒性的控制水产养殖中的氨氮主要来源于饵料、龟鳖动物的排泄物、肥料和动植物遗骸。氨对龟鳖的毒害依其浓度的不同而不同，在0.01～0.02mg/L的低浓度下，水产动物会慢性中毒，抑制其生长;在0.02～0.05mg/L的浓度下，氨会和其它造成水产动物疾病的病因共同起加成作用，而加速其死亡;在0.05～0.2mg/L的高浓度下，会破坏水产动物的皮、胃、肠道的粘膜，造成体表和内部器官出血;在0.2～0.5mg/L的致死浓度下，石金钱龟会急性中毒而死亡。
防止养殖水体中氨氮浓度过高的措施：在养殖初期严格清塘、清淤;根据水体的实际承受能力，制定合理的放养密度;选择合适的饵料，合理投饵，避免饵料浪费和残饵积累、腐败变质，引起水质恶化;养殖初期肥水的时候注意有机肥的使用量;促进饵料的自然转化，减少积累;养殖中后期，使用适量的沸石粉改善底质，吸附氨氮，降解有机物;为了防止养殖水域中的非离子氨过高，除了要定期检测水中氨的指标外，还要及时清理排除养殖水域底层的污垢及水产养殖动物排泄的粪便等措施。
3、亚硝基氮是引发龟病的关键因素。亚硝酸盐是氨在转化为硝酸盐的过程中的中间产物，在氨转化为硝酸盐的过程受到阻碍，中间产物的亚硝酸盐就会在水体中积累。养殖水域中有亚硝酸盐存在，使龟血液中的亚铁血红蛋白被其氧化成为高铁血红蛋白，从而抑制血液的载氧能力。龟长期处于高浓度的亚硝酸盐的水中，会发生黄血病。一般应将水中的亚硝酸盐控制在0.1mg/L以下。
当亚硝酸盐过高时，只能采用缓慢换水和施用好水素的方法。然后内服保肝药物一个星期，提高抗应激能力和降解血液中的亚硝酸盐。
处理亚硝酸盐的办法：排换水，主要是降低亚硝酸盐浓度和排出部分垃圾。所以最好是排底水、排污水;消毒杀菌和沸石粉进行吸咐。先进行必要的杀菌处理使用刺激小效果好的杀菌消毒药，隔天再用天然沸石粉进行吸咐。
4、不良水色的处理方法
水色发白主要原因是在养殖前期，由于浮游动物过多或者浮游植物急剧的大批死亡，导致单细胞藻类不能正常生长。在这种情况下，如果水中氨氮或亚硝酸盐的含量过高，应该先使用驱氨净水剂如沸石粉、氯化铝，同时控制或停止投喂饲料，待大部分的浮游动物被摄食或死亡后，再引进部分新水，施放活生物肥水素进行肥水。在这种情况下，排掉部分底层水并引进部分新水，及时使用驱氨净水剂，同时使用利水素分解藻类尸体，使用光合细菌分解小分子有机物及氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，然后泼洒肥水素恢复藻类正常生长。由于水质突变，往往活下来的龟的内脏出现不同程度的损伤，当吃食正常时，应投喂维生素、大蒜素等保健药饵，以促进龟的损伤器官的恢复。经过水质突变后，养殖龟类的生长速度明显降低，抗应激能力下降，大多需要一周的时间才能恢复，所以应尽量避免发生水变。
