（1）柱状黄杆菌、曾名柱状屈绕杆菌，菌体细长，柔韧弯曲，大小2~24微米。革兰氏染色阴性，无鞭毛，生长适温28℃。主要引发沙丁鱼的烂皮病，死亡率较高，于春夏季水温20℃—30℃为流行。该菌对磺胺嘧啶、氟苯尼考（科克菌）等敏感。
（2）气单胞菌，革兰氏染色阴性短杆状，单鞭毛，能运动，生长适宜温度为25℃。水中存在，属于条件致病菌。主要引发沙丁鱼的细菌性肠炎。流行季节为4-9月，水温18℃以上，高峰25℃—30℃。对硫酸新霉素（制菌灵）等抗生素敏感。
（3）恶臭假单胞菌，为革兰氏染色阴性短杆状，极生多鞭毛，能运动，无芽孢。春季水温6℃—18℃流行。该菌对磺胺二甲氧嘧啶粉、氟苯尼考等敏感。
（4）荧光假单胞菌，菌体短杆状。革兰氏染色阴性，1~3根鞭毛，适温25—30℃。引发沙丁鱼的赤皮病，沙丁鱼较严重，是沙丁鱼的三大病害，全年流行，水温25℃—30℃最常见。外用药（漂白粉、强氯精、大黄全池遍洒），结合内服抗生素治疗。
（5）点状气单胞菌，革兰氏染色阴性，生长适温28℃左右，属于条件致病菌。引发打印病（腐皮病）全年发病，夏、秋及易发，为常见多发病。外用消毒药治疗。
