牡丹追肥常用腐熟的人类尿、饼肥和液施，亦可施用尿素、过酸磷钙等化学肥料，但浓度要求低，一般为1％至3％。
牡丹施肥的原则是薄肥勤施，肥量应随植株大小及土壤湿度等不同而有所区别，小苗更应注意。一般人类粪尿要稀释5至10倍，饼肥则要稀释100倍以上（即饼肥和10倍水沤制，使其充分发酵，使用时再稀释10倍）。施肥后第二天清晨须再浇一次水，称之“还水”，防止烂根。
有机肥必须充分腐熟才能施用。地栽牡丹可追肥5至6次，以芽前、芽后、花前、花后及结果前后最为理想。现蕾时忌施肥，否则引起落花。有病虫害的植株不宜施肥，杀灭之后再施薄肥，使之恢复生长。
