水杉的常见病害是立枯病，主要发生在幼苗期。受害幼苗主根及地面茎基部出现红褐色不定形或椭圆形病斑，发病初期病苗茎叶白天萎蔫，夜间和清晨恢复。病斑继续向四周扩展，并逐渐凹陷，最后绕茎1周，茎基部变褐色腐烂。有的木质部暴露在外，皮层开裂呈溃疡状，最后病株收缩干枯，植株死亡，但一般仍立而不倒，所以称为立枯病。
潮湿条件下，在发病部位及其附近表土可见到淡褐色蛛丝状的菌丝体，不显著，后期形成粒状菌核。病部没有明显的白色棉絮状霉，可与猝倒病区别。立枯病的防治要从繁殖时开始，首先要选择地势高、排水良好、水源方便、避风向阳的地方育苗。其次要加强苗床管理，选用肥沃、疏松、无病的新床土，若用旧床土必须进行消毒处理。肥料要经充分腐熟并施匀。根据土壤湿度和天气情况，需浇水时，每次不宜过多，且在上午进行。床土湿度大时，撒干细土降湿。做好苗床保温工作的同时，多透光、适量通风换气。
如有立枯病发生，可喷洒65%百菌清可湿性粉剂600倍稀释液、60%代森锰锌可湿性粉剂500倍稀释液或62.2%霜霉威水剂600倍稀释液。每周喷药一次，连续喷药两三次可有效控制住病情。
水杉常见的害虫有蛴螬、大袋蛾和松栎毛虫。如有蛴螬发生，可用3%甲基异柳磷颗粒剂、3%吠哺丹颗粒剂、5%辛硫磷颗粒剂，每亩用2.5千克至3千克处理土壤。如有大袋蛾发生，可用灯光诱杀雄性成虫，在幼虫期喷洒1.8%爱福丁3000倍液进行杀灭。如有松栎毛虫发生，可用灯光诱杀成虫，在其幼龄幼虫期喷洒3%高渗苯氧威乳油3000倍液进行杀灭。
