温室消毒
在扦插前，对温室进行消毒十分有效。
消毒方法：
(1)温室框架消毒，应用磷酸三钠、硫磺、福尔马林等杀虫、杀菌消毒剂喷雾或熏蒸温室内的钢筋支架、走道及四周塑料膜；
（2）土壤、基质消毒，应用福尔马林、溴甲烷、夏季自然高温消毒土壤、基质；
（3）滴灌系统消毒，应用硝酸、福尔马林溶液对滴头、滴管、砂滤器、母液罐冲洗、浸泡消毒；
（4）蓄水池消毒，清除池底杂物、污泥、清水冲洗水池，然后用福尔马林或其他消毒剂消毒蓄水池。
生态防治
通过对温室内温度、湿度的调控，使温室的气温保持在夜间15℃~18℃，白天25℃左右，昼夜温差不超过10℃，这样可以将温室的相对湿度控制在90%%以下，南方红豆杉扦插苗叶面则不会产生水膜，病原菌就无法侵入叶组织导致发病。采用加热技术是控制温室内温度、湿度的有效措施之一。
栽培管理
适时整枝、打老叶，防止因枝叶过密，造成有利于病害传播、发生的小气候环境；及时清除病虫残枝、残叶，保持温室内的清洁，尽可能地减少引发病虫害的病菌源、虫源；严格制定、执行生产操作规程，杜绝操作人员、参观人员以及生产用具成为病虫害的传播者。
生物防治
它是应用微生物制剂和捕食性或寄生性的有益昆虫（即天敌）控制南方红豆杉扦插苗病虫害的技术：应用杀虫素等生物杀虫剂防治蚜虫、叶螨等害虫；使用食蚜瘿蚊、桃蚜茧蜂、智利小植绥螨等天敌控制南方红豆杉扦插苗等害虫。
药剂防治
在上述四种防治技术的基础上，如果茎腐病、白绢病、蚜虫仍有发生危害，可选择化学农药或生物农药防治1~2次。
