我国芍药品种很多，在晋代已有重瓣品种出现。至于品种分类，则始于宋代。当时对芍药的记载很多，品种大约有30多个，如宋代《芍药谱》记载31种；宋代《扬州芍药谱》，记有34种。明代《鲜芳谱》记载芍药39种。
清代《花镜》，记载88种。清代乾隆时，扬州芍药品种达100个以上，有“杨妃吐艳”、“铁线紫”、“观音面”、“冰容”、“金玉交辉”、“莲香白”、“胭脂点玉”、“紫金观”等。民国初年，上海一家私营花圃自称拥有400个品种，其中包括《花镜》所载的大部分，以及自己育成的新品种和进口的品种，但其中半数未正式起名。
当今世界上，芍药品种己发展到1000个左右。由于芍药花型富有变化，从而使分类方法也有多种，目前多采用北京林业大学园林系的花型分类法。
芍药根据颜色可分为白、黄、绿、粉、粉蓝、红、紫红、紫、黑、复等多个品种。根据花型可分为蔷薇型、皇冠型、千层台阁型、托桂型、金环型、菊花型、绣球型、楼子台阁型、单瓣型等。
我国产的芍药组植物有八种和六个变种，其中通常直称为芍药的，是近代芍药品种群的主要原种。八种芍药分别是：草芍药、美丽芍药、芍药、多花芍药、白花芍药、川赤芍、新疆芍药和窄叶芍药。
