选用抗(耐)病品种：不同小麦品种抗茎基腐病的能力不同，根据土壤肥水条件、播期、茬口安排、管理水平等合理选择，避免选用不抗倒春寒的半春性及春性品种。
小麦茎基腐病的防治方法
一、农业防治有以下几点：
1、选用抗(耐)病品种：
不同小麦品种抗茎基腐病的能力不同，根据土壤肥水条件、播期、茬口安排、管理水平等合理选择，避免选用不抗倒春寒的半春性及春性品种。
2、土壤深耕：
播种小麦前，将土壤深耕25-30cm，将表层病残体翻入深层，减少病原菌数量，同时可疏松土壤，以提高抗病能力。
3、轮作倒茬：
合理的轮作倒茬可有效避免小麦茎基腐病的发生，一般可将小麦与豆类、棉花、油菜、蔬菜等双子叶作物进行轮作、倒茬，2-3年进行1次即可。
4、控制播期与播量：
为了减少冬前小麦茎基腐病病原菌侵染的机会，种植半春性及春性的小麦品种可适当推迟播期。建立合理的群体进行壮苗培育，合理控制小麦播量也可以防治小麦茎基腐病。
5、合理施肥和浇水：
适时浇水与科学施肥也可以达到防治小麦茎基腐病的目的，能够增强小麦植株的抗病能力。实行配方施肥，结合小麦种植区的地力水平，合理搭配化肥和有机肥，各元素要平衡，确保耕层内肥料均匀。还要进行合理的冬灌，并及时进行土壤水分的补充。
6、及时清除病株残体：
夏收或秋收时，及时将患有小麦茎基腐病的植株带出并进行集中销毁，对于发病严重的麦田，秸秆不能直接还田，应进行过腹还田或堆沤还田，从而减少土壤中小麦茎基腐病病原菌的数量。
二、化学防治有以下几点：
1、种子包衣或药剂拌种：
每千克种子用27%咯菌腈·苯醚甲环唑·噻虫嗪3ml作包衣，或每千克种子用31.9%戊唑醇·吡虫啉3ml作包衣，可以显著降低苗期茎基腐病发病率。
2、土壤处理：
对于小麦茎基腐病发病严重的麦田，结合耕翻整地用可用代森锰锌、甲基托布津、三唑酮颗粒剂、高锰酸钾或50%多菌灵可湿性粉剂处理土壤，以消灭土壤中的小麦茎基腐病病原菌。
3、施药防治：
亩用18.7%丙环唑·嘧菌酯悬浮剂50-60ml，或24%噻呋酰胺悬浮剂20-25ml，或17%唑醚·氟环唑悬乳剂30-40ml兑水60-70L淋喷小麦茎基部，兼治小麦纹枯病等病害，发生严重地块可间隔7-10天再喷一次。
