许多致病菌会引起鸵鸟全身感染, 大多数革兰氏阴性肠道菌往往通过消化道粘膜进入身体而引起全身感染, 其中常见的有棒状杆菌属, 会产生急性贫血、泄殖腔流血和虚脱; 另一种常见菌为绿脓假单胞菌, 此菌污染种蛋, 在孵化后期感染雏鸟, 引起2 日龄～4 日龄小鸟死亡。此类疾病通过抗菌疗法可收到一定效果。
(1 )炭疽病。Robertson 氏1908 年首次诊断鸵鸟炭疽病。曾有报道南非和以色列发生过此病。非洲鸵鸟感染此病的途径主要是食到污染兽骨和饮用污染的水。在鸟群中同时以突然死亡和炭疽热两种方式出现。鸟炭疽热症状是厌食和困倦, 经过一段时间便能恢复, 在这种病鸟中找不到炭疽杆菌; 突然死亡的鸟在胸腹膜会有出血点、瘀血点、肠道充血、脾不肿大或微肿、髓很黑、血液暗黑。血液抹片会发现典型炭疽杆菌。本病的泄殖腔出血症状与棒状杆菌感染易混淆, 但炭疽病易感染鸵鸟和哺乳动物并引起死亡, 细菌培养区别两种病原会很易做出鉴别诊断。此病预防按当地流行情况可用牛炭疽疫苗单剂量接种, 治疗可大量注射青霉素。尸体原地火化深埋, 勿随便解剖而扩散病原。
(2 )禽结核。鸵鸟中较少见, 但曾报道某动物园鸵鸟有散发性结核病, 患鸟在数周或数月逐渐衰弱、消瘦, 因为结核病是消耗性疾病。尸体剖检可见肠、肝、肺、脾等含有干酪样小结节。
