种蛋必须来自优良、健康的鸟群，挑选种蛋时，先将薄壳蛋、砂壳蛋、钢皮蛋及过大、过小、过扁、过圆、污染面积过大的种蛋挑出。刚产出的种蛋不宜马上入孵，要贮存24小时以上，但最好不要超过6天，保存的温度以15℃为宜。若保存期超过6天，需要降低温度，保存种蛋的相对适宜湿度应为70%～80%，并注意贮存室的通风。种蛋保存时，应大头朝下，每天翻动1次。
在自然养殖条件下，鸵鸟产蛋落地后常常被泥土、粪便污染，受污染的鸟蛋经过清洗、消毒等多重处理，还是免不了受细菌感染，孵化过程中常出现中晚期蛋内雏鸟死亡，甚至出现“炸蛋”，以致整箱蛋受感染而报废，给饲养场带来不必要的经济损失。经观察发现，孵化中期受污染的鸟蛋内出现多处细菌斑点，孵化后期鸟蛋因受细菌感染，自身蛋温升高而导致死亡。如在孵化过程中发现有些鸟蛋后期突然失重加大，解剖后雏鸟干枯死亡，便是典型的细菌感染。实验表明，如实行“人工接蛋”，接蛋率在85%以上，孵化出雏率比过去提高20%，鸵鸟开产期应先准备好经过熏蒸消毒的塑料袋或干净毛巾，并对开产期的鸵鸟进行观察。一般开产鸟在前10天左右雄鸟帮助母鸟在圈内“扒窝”，母鸟常在坑边转圈，鼻孔发红。鸵鸟产蛋一般在下午2～7时左右，如发现母鸟进食量减少，在圈内来回走动焦燥不安，饲养员应用消毒液洗干净手，准备好塑料袋或毛巾，静候在鸵鸟不易发现的地方进行观察。
产蛋前2分钟左右，母鸟会蹲下，口流黏液，扇动双翅，发出震颤之声，开始产蛋。此时饲养员要立即轻跑过去，一手拿毛巾接蛋另一只手轻提鸟的尾羽，防止尾羽玷污鸟蛋，接蛋时人要蹲下防止雄鸟对人进行攻击。接下的蛋是干净潮湿的，饲养员要及时送交种蛋熏蒸室。
