蚂蚁的生命力很强，疾病较少。澳大利亚克利大学的贝蒂教授经多年研究，发现蚂蚁的分泌物中含有抗生素，可抑制多种病菌、病毒的生长、扩散。虽然蚂蚁很少感染病毒，但不意味着不会生病，特别是在密集性的饲养环境下，更不能忽视疾病的防治工作。如果某种病菌、病毒一旦发生并蔓延，轻者会造成蚁群数量下降，减产；重者会造成大量死亡，甚至导致全军覆灭。
目前对蚂蚁病虫害的研究还欠深入，防治工作以预防为主，一旦发现病源及时地毫不留情地彻底焚烧处理。蚂蚁病虫害的防治措施很多，主要是从源头杜绝和控制在萌芽时，具体如下：
1.种巢进场消毒
为了有效防治病虫害和提高饲养效益，工厂化饲养要实行同进同出，即在同一饲养室，要同时接入新巢，同时淘汰老巢。在接后前20天，要对饲养室、蚁巢、养蚁架进行全面彻底的清洁消毒。
2.清洁卫生
经常保持蚁场、饲养室、养蚁架、蚁岛、蚁巢的清洁卫生。工作人员要注意个人卫生。饲养室外的场地、通道、下水道、水池等要定期清扫消毒。不要用带病菌、病毒和变质的饲料，对水源要经常消毒。发现有发霉变质的蚁土、蚁巢、蚁岛土坯应立即更换，从养蚁架清除的废物要集中焚毁或深埋。
3.检疫
定期抽检蚂蚁送交有关检疫部门检验，如发现问题要及时处理。
4.治疗
通过对蚁粪、个体、蚁群的细心观察，发现异象，送交检验部门检查确诊后，要及时对症下药。同时还要与相应的饲养管理相配合。在要选用合适的药物和剂量时，必须考虑到是否会对以后的蚂蚁成品造成污染，避免带来更大的经济损失。常见疾病如下：
(1)伤寒病 症状为体质衰弱，个体重量下降，粪便钻稠，不成粒。多因寒潮入侵所引起。要注意加温保暖，在食物中加复方新诺明或氯霉素，一般用量为饲料重量的0.2%，可根据病情适当增减。
(2)寄生螨 蚁岛湿度过高，残食变质，养蚁架霉变等，都可能引起蜻类大量发生。发生量小时，及时降低湿度，并铲除蚁岛、蚁巢的表土，更换新蚁土。尽量少用药物杀灭。
(3)天敌 蚂蚁的天敌很多，如蚌蟒x蜘蛛、斑鳌、椿象、蚁狮、蝾螈、蟾蛛、刺渭、穿山甲
犬类等，它们都会直接食用蚂蚁，要经常做好防患措。要注意预防天敌为害，如发现天敌侵入为害及时用人工捕捉天敌，清除为害。
