麝鼠极爱以水生植物为食，其幼芽、嫩枝、绿叶、果实及块根、块茎类都是上好的食物。陆生的野草、野菜及木本植物的幼嫩部分及果实也是很好的食物。栽培作物如蔬菜、瓜果，粮食作物的茎叶以及谷物、豆类的种子等是重要的精料及补饲食物。
麝鼠以草类食物为主，动物性食物吃得很少，一般只在植物性饲料不足或繁殖季节、麝鼠发生疾病期间需要补饲时，才偶尔吃些小型动物，如河蚌、田螺、杂鱼、泥鳅等。麝鼠的食物来源广泛，一般并不发生季节性短缺，但不同季节的食物，还是有不同的适口性。
在越冬期、产仔泌乳期，由于活动减少，在放养的情况下，麝鼠出动时往往一次性大量采集食物，贮藏在洞道的“粮仓”里，贮仓内一般是十分清洁干燥的，所以贮存的食物很少腐烂变质，可以存放很长时间。在家养的圈舍中没有专门的“粮仓”，一般它们把食物贮存在小室或走廊的角落里。
麝鼠体型小，食量也不大，一般日采食量相当于其体重的40%～50%，即平均每只每天吃植物饲料0.25～0.5公斤；谷物种籽25～50克就够了。夏天相对吃的多一些，冬天少些。除采食新鲜的饲料外，麝鼠也有吃软粪的习惯，将自己新排出的粪便重新吃进去进一步消化吸收其中的营养成分，如蛋白质、无机盐、维生素等。
