蜘蛛在内部构造上较特殊的是呼吸器官的书肺，书肺内部为一囊状，每一囊的囊壁向内突入许多叶状褶皱，如同书页一样。蜘蛛毒腺为圆筒状，腺壁由一层细胞构成，毒腺的前方有导管，在螯爪的前端附近开口，毒腺分泌出毒液，对小动物有致死效果，有的对人也能危及生命，如被红斑毒蛛或穴居狼蛛螯咬后，必须及时治疗，以免危及生命。
蜘蛛为食肉性动物，其食物大多数为昆虫或其他节肢动物，但口无上颚，不直接吞食固定食物。当用网捕获食饵后，先以螯肢内的毒腺分泌毒液注入捕获物体内将其杀死，由中肠分泌的消化酶灌注在被螯肢撕碎的捕获物的组织中，很快将其分解为液汁，然后吸进消化道内。
蜘蛛为肉食性，食性广，但主要是捕食昆虫，有时能捕食到比其本身大几倍的动物，如南美的捕鸟蛛，它有时捕食小鸟、鼠类等。蜘蛛的口，仅适于吸吮液体食物。当捕获猎物时，先将毒液注猎物，麻醉或杀死猎物后，分泌消化液，经猎物伤口，注入猎物体内，先进行体外消化，待猎物的软组织被分解及液化后，吸入体内，再到体内消化和吸收。
消化道分为前肠、中肠及后肠三部分。前肠包括口、咽、食道及吸吮胃，管状的咽及吸吮胃都可把液体食物吸进消化道并运至中肠。中肠包括中央的中肠管及两侧的盲囊。中肠之后为后肠，是排泄物汇集的地方。
排泄器官的一对起源于内胚层的马氏管。除马氏管外，幼蛛还有一对基节腺进行排泄。但成蛛的基节腺多退化，没有排泄作用。
