绝大多数鱼类终生生活在水中，这就决定了水对鱼的重要性。鱼与水的关系就如同人与空气一样，水质出了问题，鱼的生理活动就会被扰乱，长期处于不良的水质环境中，鱼就会产生不良反映，严重的可导致死亡。
养鱼用水有很多种，家庭饲养用水量小，通常使用自来水，也有人使用矿泉水；大规模养殖用水量大，可考虑使用地下水，但地下水作为养鱼用水存在很多不足。地下水的成份差异显著，同一地区不同地点抽出的地下水的成份都会相差很大。地下水的硬度一般偏高，有地水中含盐量很高，有的水中含重金属离子很多，有的水中含氧量很低等等。这些对鱼体都会产生不良影响。因此，地下水在使用前最好经过检测、处理。此外，蒸馏水与纯净水都不适合养观赏鱼。
自来水为日常生活用水，其成份比较稳定。多数自来水的PH值为中性，一般PH6.5-7之间，而水的硬度相差很大。水的硬度分为暂时性硬度和永久性硬度，主要是反映水中的Ca2+、Mg2+离子的含量。暂时性硬度的水中除Ca2+、Mg2+离子外，主要含有HCO3-离子，HCO3-离子不稳定，加热的时候容易开成CaCO3、MgCO3沉淀，家中烧水时壶中的水垢就是如此；永久性硬度的水中含有Ca2+、Mg2+、CO32-离子，CaCO3、MgCO3在水中的溶解度是随着温度升高而增大，所以升温对降低水的永久性硬度没有效果，此时可采用离子交换法，所用的离子交换剂（阴阳离子树脂）在化工商店可以买到，如果能买到自来水厂使用的最好。使用方法比较简单，将离子交换剂装入筒形的容器中，使需要处理的水以一定的速度流经此容器即可，阴阳离子树脂需要定期进行处理，具体方法可向商家咨询。
自来水的消毒时使用含氯的化合物，这些物质入水后与水反应生成不稳定的次氯酸(Hclo)，次氯酸在光照的条件下分解可生成氯气(cl2)。氯气可使鱼鳃表皮的蛋白质黏模变性（蛋白质结构改变），失去了气体交换的功能（指氧气与二氧化碳），与此同时鳃受到刺激后会产生大量粘液，对鳃进行保护，减少鳃与水的接确面积，使得氧气很难进入体内，二氧化碳无法排出体外，导致鱼窒息死亡。
自来水用来养观赏鱼前必须除氯。困水的方法主要有两种：自然法。将水置于光线较强的地方，水是中的Hclo见光分解，产生的氯气会慢慢扩散到空气中，次氯酸和氯气含量很低时就可以使用了。困水时间3-7天即可，放置时间过长的水最好不要使用。困水时适当的进行充气，可增大空气与水的接触面积，对氯气的扩散有促进作用。另一种为药物法。在自来水中放入少量的硫代硫酸钠（俗称：海波），短时间内可以除去大量氯气。加入海波后，容器壁上会出现大量气泡，用鱼网将气泡搅起，反复几次，溶器壁上几乎不再产生气泡时，基本上可以放鱼。两种方法相比较，前者需要的时间长，后者需要的时间短，但前者养鱼比较安全，后者有一定的危险性。
孔雀鱼饲养过程中不宜加盐，加盐后会导致水环境的离子浓度增高，使渗透压减小，水分子不易向体内扩散，造成体内缺乏水分，影响新陈代谢。有关资料报道，在含盐量低于5‰的水环境中，淡水鱼可正常生长；含盐量7‰时，淡水鱼能存活，但生长受抑制；含盐量为9‰时，淡水鱼会出现死亡。
孔雀鱼的缸中造景时，不建议使用ADA泥与珊瑚砂。孔雀鱼比较适宜中性、偏酸的水质。ADA泥的作用是降低水的pH值，有人说也可以降低水的硬度；而珊瑚砂的作用是升高水的pH值，同时也可以提高水的硬度，水草可以吸收二氧化碳及一些含氮，磷的离子化合物，改良水质，同时又可以提高水中的氧气含量。
饲养过程中换水是必不可少的。鱼每天摄入的食物不能够完会消化吸收，粪便中含有一定量的有机物，这些有机分子在水中各因素作用下可产生多种物质，其中一些对鱼有毒害作用，如：氨、亚硝酸盐。硝化细菌在有氧条件下的最终产物是硝酸盐（NO3-），当水中缺氧时，则产生有毒的来硝酸盐（NO2-）。有机物分解时耗氧，水中氧气缺乏时又会产生硫化氢（H2S）等有毒物质。因此，水中氧气含量偏低时，鱼所承受环境中的压力大，很容易死亡，甚至“闷缸”（鱼全部死亡）。
淡水鱼体液浓度高于水环境的浓度，鱼体细胞不断从外界环境中进行渗透吸水，自由水（体内可流动的水）将细胞的代谢废物带入肾脏，最终排出体外。生活在老水中的鱼与环境中的水的交换达到一定的平衡，因此在完全换水时，由于外界环境离子浓度的突然降低，鱼体从新水中吸入更多的水分，使体内水的会计师猛增，鱼会出现短时间的调节紊乱，从而产生不适症状。
坚持每天进行部分换水，将废物抽出，加入困好的新水，可使鱼缸中的水环境昼保持稳定，减少水质变化后给鱼带来的压力。另外，经常换水可使鱼对人更熟悉，使鱼对外来惊吓的适应能力增强。
为了防止鱼缸里的水就混，首先应该定期清理鱼缸中的残饵及鱼的代谢产物，其次，加强过滤系统，孔雀鱼尾鳍较大，游泳能力相对较弱，所以过滤泵的功率不能过大。建议使用上部过滤，过滤棉四层左右为宜，过滤棉在过滤盒中最好为凹陷形（四周中高中间低）。过滤棉较脏时可作用原缸水涮洗，不要用力揉搓，更不要使用清洁剂。在过滤盒中放入一定量的活性碳可以起辐助过滤作用，再次，投饵时多放些水蚤，水蚤能以水中的小颗粒有机分子为食，也可使水质变清，尤其是在幼鱼中混养一定量的水蚤，效果更加明显。
另外，有的玩家在饲养孔雀鱼过程中，常常在缸中的水面上出现一层油膜，油膜会阻碍空气中的氧气向水中扩散，可以养几条黑玛丽，有的清道夫鱼也可以吃水面上的物质。通常加大换水量，增强一下过滤系统，一般可以解决此问题。
