蛇的消化系统非常厉害，有些在吞的同时就开始消化，还会把骨头吐出来的。
还有，蛇的消化还要靠在地上爬行，利用肚皮和不平整的地面来摩擦。
毒蛇的毒液实际上是蛇的消化液，一些肉食性的蛇消化液的消化能力较强，溶解了被咬动物的身体，所以表现出“毒性”，人的胆汁也属这种消化液。但更多是神经毒素和血液毒素等。
蛇的食欲较强，食量也大，通常先咬死，然后吞食。嘴可随食物的大小而变化，遇到较大食物时，下颌缩短变宽，成为紧紧包住食物的薄膜。蛇常从动物的头部开始吞食，吞食小鸟则从头顶开始，这样，鸟喙弯向鸟颈，不会刺伤蛇的口腔或食管。吞食速度与食物大小有关，蛇5～6分钟即可吞食小白鼠，较大的鸟则需要15～18分钟。Barton认为非洲岩蟒只有在确定捕获物的鼻子或耳朵位置时，才开始吞食。蝮蛇亦有判断捕获物头、尾的能力。
蛇消化食物很慢，每吃一次要经过5～6天才能消化完毕，但消化高峰多在食后22～50小时。如果吃得多，消化时间还要长些。蛇的消化速度与外界温度有关，Skoczylas（1970年）观察到游蛇在5℃气温下，消化完全停止，到15℃时消化仍然很慢，消化过程长达6天左右，在25℃时，消化才加快进行。
蛇的牙齿是不能把食物咬碎的，蛇的消化系统如咽部，以及相应的肌肉系统都有很大的扩张和收缩能力。
蛇主要是用口来猎食。无毒蛇一般是靠其上下颌着生的尖锐牙齿来咬住猎物，然后很快用身体把活的猎物缠死或压得比较细长再吞食。毒蛇还可靠它们的毒牙来注射烈性毒液，使猎物被咬后立即中毒而死。蛇在吞食时先将口张大，把动物的头部衔进口里，用牙齿卡住动物身体，然后凭借下颌骨作左右交互运动慢慢地吞下去。当其一侧下颌骨向后转动时，同侧的牙齿钩着食物，便往咽部送进一步，继之另一侧下颌骨向后转动，同侧牙齿又把食物往咽部送进一步。这样，由于下颌骨的不断交互向后转动，即使很大的食物，也能吞进去。
蛇喜欢偷食蛋类，有些是先以其身体压碎蛋壳后才进食。但也有些蛇类，能把鸡蛋或其他更大的蛋整个吞下去。在吞食时先以身体后端或借其他障碍物顶住蛋体；然后尽量把口张大将整个蛋吞进去。有趣的是，非洲和印度的游蛇科中的一类食蛋蛇，具有特殊适应食蛋的肌体结构。它们颈部内的脊椎骨具有长而尖的腹突，能穿破咽部的背墙，在咽内上方形成6～8个纵排尖锐锯齿，当把蛋吞进咽部时，随着咽部的吞咽动作进行“锯蛋”把硬蛋壳锯破，并且凭借颈部肌肉的张力，使蛋壳破碎，同时把蛋黄、蛋白挤送到胃里；剩下不能消化的蛋壳碎片和卵膜被压成一个小圆球，从嘴里吐出。
