海狸鼠化系统包括消化管和消化腺两部分。消化管起自口唇而终于肛门的长管，可分为口腔、咽、食管，胃、小肠，盲肠、大肠和肛门。消化腺包括唾洒腺和肝，胰、脾、胆以及消化道管壁内的许多味体，其主要功能是分泌消化液。此外还有一些附属器官，如齿，舌等。海狸鼠口腔内具有腮腺，颌下腺和舌下腺等三种唾液腺咬肌十分发达。海狸鼠的胃，解剖学和组织学上与猪的胃相似。位于腹腔前左侧，内壁具粘液腺。胃分为贲门，底、休和幽门叫部分，幽门与十二指肠连接处具有发达的括约肌。十二指肠位于腹腔前右侧。空肠与回肠之间，无明显界线。体积最大的盲肠，位于腹腔右侧。结肠和直肠界于盲肠和肛门之间。肛门内下方具分泌腺(即肛门腺)，与qC门共同开口于体外。肛门腺由7—8个乳头状腺体所组成，公鼠比母鼠发达，系外激素，健康的海狸鼠将肛门腺分泌的油脂样分泌物经常涂摸于其被毛上、消化道全长为6—7米，是体长的10—12倍，其中小肠约6米，大肠1，2米，盲肠0.5米。胃容积为500立方厘米，大约占消化道容积的20%，而小肠、盲肠和大肠的容积，分别占肠道体积的42%，45%和13960：肝分5叶，成年鼠肝重为150—200克。胆囊的胆管开口于距幽门6厘米之处，胆汁直接进入十二指肠乳头。
