大棚内养殖海参，由于处于高密度养殖状态，产生疾病是不可避免的。一旦有病，人们马上就会联想到用各种抗生素药物去治疗。由于抗生素的使用在海参的养殖过程中确实起到了促进生长和治疗疾病的作用，让大多养殖户在较短的时间内获得了较高的养殖产量。由此，抗生素理所当然就成为海参养殖的“救命稻草”，似乎也成为了海参养殖高产的必要条件。所以，在大棚的海参养殖生产中，几乎可以定义为会不会养海参就是会不会使用抗生素的问题，一个“称职”的技术员的评价标准，自然而然地也就成为用抗生素的水平的高低而已。
在大棚内养殖海参苗，由于水温一般维持在22—28℃，在大规模生产条件下投放饵料，一般3—5天才能清一次池子，所以在这个时间段中，残饵和粪便就会变质或发臭，产生有毒物质，危害海参的表皮粘膜或胃肠道粘膜。有毒物质的多少，决定着危害程度的大小。打个比方，我们夏天如果拿一块熟食品，常温放上几天后，高温处理了都不能吃，那么不杀菌的情况下绝对不能食用。如果说海参饵料放在水中几天后仅仅是变味的话，那么海参的粪便几天后则会臭不可闻。臭味的程度是由有毒物质的多少决定的。海参摄食由于不能自主选择，食用了池底变质的饵料和粪便，怎么会不得病呢?所以，要想从根本上解决海参养殖中的疾病，又要在不影响正常生产的情况下3—5天清一次池子，措施只有二个：一是有效控制池内细菌分解残饵粪便的速度，尽可能减少有毒物质的产生，只要剂量达不到严重的程度，也就不会对海参正常生长造成危害;二是改善肠胃，治疗被损害的粘膜组织。肠胃疾病是海参夏季生产最常见的疾病，控制了肠胃疾病也就等于抑制了海参可能产生的绝大部分疾病。
海参苗为什么犯病率高、死亡率高，由粪便、残饵等产生的有毒物质是其最主要的罪魁祸首。放苗情况相同，管理一致，喂料也一样，但最后各池产量并不一样，原因也在此。如果是勤倒池，彻底去除池底氨氮等有毒物质的影响，那池子之间的产量差距就不会太大。但是我们知道，过勤地倒池子这在大规模生产中往往是不现实的。
